就在中国棉花专家向棉铃虫宣战的时候，另一场没有硝烟的转基因棉大战悄然拉开了序幕。1998年，中国开始种植转基因抗虫棉，国外抗虫棉凭借其领先一步的高新技术优势迅速占据了我国95%以上的抗虫棉市场，而国产抗虫棉不足5%。5年后，我国自主知识产权的国产转基因抗虫棉品种种植面积首次超过了美国，  2005年国产抗虫棉的市场份额接近70％，这主要得益于中国农科院棉花研究所建立的全国“一盘棋”的研发推广体系。

　　曾几何时，“5%”的市场占有率成了扎在中国棉花科研人员心中的一根钢针。我们同样拥有自主知识产权的抗虫基因，具有相对领先的常规育种技术，为什么我们的抗虫棉在中国境内无法与国外抗虫棉抗衡呢？中国农科院棉花研究所所长喻树迅博士说：“我们转基因转化体系规模太小，其中转化的核心技术没有突破，科研单位都比较分散，互不通气重复研究，没法形成有效的整合，形成我们的创新团队，形成我们的核心竞争力，所以速度很慢”。

　　在“国家转基因棉花中试及产业化基地”课题支持下，中国农科院棉花研究所创新研发推广体系，打破科研单位各自为战的局面，牵头建立了棉花规模化转基因技术体系平台，采取双赢互利的发展模式，通过合同关系，在尊重知识产权、成果利益共享的情况下，与我国从事基础研究的8家上游基因构建单位和下游棉花产业化龙头企业开展全面的战略合作。一只优势互补、强强联合、具有国际竞争力的“联合舰队”成功地建立起来，这种全国“一盘棋”的研发推广体系立即展现出旺盛的生命力。

　　合作体系的上游，以中国农科院生物所、中科院遗传发育所和微生物所等为代表的基因构建单位，成功构建了拥有自主知识产权的抗虫基因；中游以中国农科院棉花研究所为主，建立了棉花规模化转基因技术体系，大批量创造转基因棉花种质新材料，并将所获得新材料快速发放给育种研究单位，迅速培育出适宜我国不同棉区种植的国产转基因抗虫棉新品种，并在河南、山东、安徽等地进行中试试验；体系的下游则是科技型棉花龙头企业，中棉所科技贸易公司等企业通过建立遍布全国棉区的营销网络，使国产转基因抗虫棉良种迅速进入市场，来到急需的棉农手里。中国农科院棉花研究所转基因课题组组长李付广博士说：  “转基因是一个系统，不是一家，不是一个单位能够独立自主完成的，在抗虫棉方面，如果说我们国内任何一家单位都是闭关自守，都想自己来做，可以说咱们的抗虫棉产业不会像今天这么发达。”

　　2002年，国产抗虫棉打了一场漂亮的翻身仗。这一年，国产转基因抗虫棉市场份额上升到了35%。2003年，国产抗虫棉就占市场份额的50%左右。2005年，国产抗虫棉所占市场份额接近80%，彻底打破了国外抗虫棉的垄断地位。

　　国产转基因抗虫棉的种植不仅有效地控制了棉铃虫的暴发危害，而且使农药用量减少，每年节约化学农药用量2000-3000万公斤，农药中毒事件降低了80%，每亩地还可增产皮棉7公斤，增收节支约120元。在国家发改委的支持下，以中国农科院棉花研究所科技贸易公司为主体，依托中棉所科技成果，在我国黄河流域、长江流域和新疆三大棉区分别与地方合作，成立了8个区域性合资公司，形成了以中棉所为研发中心的遍布全国的产业化体系，建立了抗虫棉新品种示范点200多个，到2005年，国产抗虫棉已累计推广9000多万亩，创造社会经济效益150多亿元。“中棉”  系列转基因抗虫棉成为我国棉种市场的第一品牌。