研究人员一直都同意所有克隆动物在生物学上都是有瑕疵的观点，但是他们并不对由克隆胚胎产生干细胞的治疗性克隆有偏见。

　　治疗性克隆（体细胞核转移）是一种有潜力创造出能治疗特定疾病的个性化细胞治疗的方法。人类在小鼠体内利用一个克隆胚胎衍生的干细胞进行研究。但是，如果克隆胚胎不能产生正常的有机体，那么它们又如何产生正常的干细胞呢？

　　来自Whitehead生物化学研究所的科学家通过分析克隆的和由受精衍生的小鼠干细胞的完整基因表达谱，证实这两种干细胞是无法区别开来的。他们的分析结果公布在2006年1月16日的PNAS杂志上。其结论证明两种细胞用于治疗是等同的。

　　为了产生一个克隆细胞，研究人员将一个供体细胞的细胞核移除，然后将它放入一个已经去掉核的卵中。接着，研究人员促使这个卵认为它已经受精，接着这个卵形成了一个胚泡（胚胎的一个早期阶段，由不超过100个细胞构成）。然后，研究人员就能够从这种胚泡中分离出干细胞或将其放入子宫形成一个胎儿。

　　到这里问题就变得复杂了：最初的供体细胞核可能来自皮肤细胞，因此为了形成一个正常的胎儿，这个卵需要重新编排这个皮肤细胞的基因组、关闭皮肤组织的特异基因并开启胚胎发育所需的基因（通常情况下，这些基因在特定组织的细胞中存于休眠状态）。换句话说，这个卵需要消除皮肤细胞的所有组织特异性记忆并使其恢复到一种空白状况。

　　但是，这个过程几乎是永远无非完美的，克隆的大部分细胞仍然保留了一些它们原来的记忆。因此，产生的胎儿无可避免地出现基因水平上的一些异常。事实上，大部分克隆都胎死腹中或在出生时死亡，而且少数能生长到成年的克隆也饱受各种奇难杂症的折磨。这也是研究人员认为试图克隆人类的做法应受到谴责的其中一个原因。那么，克隆胚胎的干细胞也遭受了同样的命运吗？

　　但是，这个过程几乎是永远无非完美的，克隆大部分细胞仍然保留了一些它们原来的记忆。因此，产生的胎儿无可避免地出现基因水平上的一些异常。事实上，大部分克隆都胎死腹中或在出生时死亡，而且少数能生长到成年的克隆也饱受各种奇难杂症的折磨。这也是研究人员认为试图克隆人类的作为应受到谴责的其中一个原因。那么，克隆胚胎的干细胞也有同样的缺陷吗？

　　新的研究证明胚泡中少数干细胞似乎并没有发生这种有缺陷的重新编排。当来自一个克隆胚泡的干细胞被分离并放置到培养皿中时，通常会死亡。但是少数却还是能够活下来并产生一个胚胎干细胞系，而且这些细胞似乎已经被完全重新编排了。

　　研究人员尝试通过将干细胞移植到受精的胚泡并观察生长成的动物的总体健康状况来检测这些幸存干细胞的完整性。尽管这些完全由克隆的胚胎干细胞所产生的动物表面看起来很健康，但是许多研究人员却怀疑这个结果的权威性。

　　Jaenisch实验室的博士后Tobias  Brambrink尝试了一种新的方法：比较克隆的和通过受精衍生的干细胞中的基因表达。利用一系列芯片，Brambrink检测出两种细胞中哪些基因是活跃的、哪些基因是沉默的。为了确保这些结果的精确性，他将五个克隆干细胞系与五个由受精衍生的干细胞系进行了比较。

　　比较结果清楚的显示出在受精干细胞中活跃的基因在克隆干细胞中也活跃，并且活性水平也相同――沉默基因的情况亦然。这类细胞系之间没有显著的分子差异。

　　研究人员认为这些结果能强有力地证明，虽然一个克隆动物发生异常，但它的克隆干细胞却是完全正常的。